What is DFAST?
DFAST is an automatic annotation service for prokaryotic genomes. It also assists data submission to DDBJ.
Who can use DFAST?
DFAST is freely available for both academic and for-profit users. No user registration is required.
How can I use DFAST?
Just upload your genome sequence data in a FASTA format. Either single- or multi-FASTA file is OK.
DFAST generates annotation results in standard annotation formats such as FASTA, GenBank, and GFF as well as in a DDBJ data submission format.
If I use DFAST, is the result automatically going to be submitted to DDBJ or is the data submission to DDBJ mandatory?
No. To submit your data to DDBJ, you need to send files generated by DFAST by yourself. You can also use DFAST only to annotate your genome without submitting the result to DDBJ.
How is the data confidentiality protected?
A 128-bit unique ID (UUID) will be assigned to the submitted job. Only users who know the ID can access the result.
What kinds of personal information are collected by DFAST?
For security purposes, job submitters' IP addresses are recorded. If provided, job titles and email addresses are collected. We use Google Analytics to survey system usage. Each access information will not be disclosed, but statistics such as annual numbers of processed jobs or visitors might be disclosed.
How long are the results kept?
All the data will be deleted after 30 days have passed since your last access to the result. You can also delete the data immediately by pressing the 'Delete' button in the result page.
I got an error.
Please check the query file. In particular, ambiguous nucleotides such as R (=A or G) or Y (=T or C) are not allowed, which should be replaced with 'N'. Use this script to replace them replace_ambiguous.py.
How can I cite DFAST?
See this page.
Inquiry and feedback.
If you have any question, request, or suggestion, please contact us at dfast[at]nig.ac.jp . Make sure to let us know the job ID for the inquiry regarding job results and errors.

DFASTはどのようなサービスですか?
原核生物ゲノムの自動アノテーションを行います。また、DDBJへの塩基配列の登録を支援します。
利用条件は?
営利・非営利を問わず無償で利用できます。ユーザー登録の必要もありません。
どのように利用しますか?
FASTA形式のゲノム塩基配列ファイルをアップロードするだけです。Multi-FASTAおよびSingle-FASTAどちらの形式も入力可能です。
アノテーション結果はDDBJBへの登録フォーマットの他、FASTA・GFF・GenBank形式などのファイルで得られます。
DFASTを利用した場合、その結果はDDBJを通じて自動的に公開されるのですか?また、結果はDDBJに登録しないといけないのですか?
いいえ。DDBJへの登録を行うには、DFASTによって生成されたファイルをユーザーがDDBJに送付する必要があります。また、DDBJへの登録を目的とせず、アノテーションを行うためだけに利用することも可能です。
データ秘匿性はどのように保たれていますか?
投入されたジョブには128bitのユニークID (UUID) からなるジョブIDが発行され、ジョブIDを知る者のみが結果にアクセスできます。 一般に、UUIDを推測することは実質的に不可能であるとされています。
どのような情報を収集していますか?
セキュリティ上の理由からジョブ投入者のアクセス元IPアドレスを収集しています。ユーザーが入力した場合には、ジョブタイトルおよびemailアドレスも記録されます。また、サービスの利用状況を調査するためGoogle Analyticsを使用しています。個別のアクセス情報が開示されることはありませんが、成果報告等において統計値 (年間ジョブ投入数やアクセス数等) を公開することがあります。
アップロードされたデータはどうなりますか?
ユーザーが最後にジョブ結果にアクセスした日から30日経過すると削除されます。また、結果画面の「削除ボタン」を押すことで即座にデータを削除することができます。
エラーが出ました。どのように対処したらよいですか?
アップロードしたファイルをチェックしてください。特に、ambiguous nucleotide [R (=A or G), Y (=T or C) など] が含まれているとエラーが生じますので、これらは不明塩基 N に置換してください。(こちらの変換用Pythonスクリプトをご利用ください replace_ambiguous.py) 原因が不明な場合にはお気軽にお問い合わせください。
DFASTを引用するには?
こちらをご参照ください。
質問や要望の問い合わせ先は?
dfast[at]nig.ac.jp に連絡をしてください。ジョブ結果についてのお問い合わせは、結果ページのURLをお知らせください。